Maripa Hantavirus in French Guiana: Phylogenetic Position and Predicted Spatial Distribution of Rodent Hosts

Benoît de Thoisy Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Séverine Matheus Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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François Catzeflis Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Luc Clément Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Sébastien Barrioz Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Amandine Guidez Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Damien Donato Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Jean-François Cornu Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Olivier Brunaux Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Stéphane Guitet Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Vincent Lacoste Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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Anne Lavergne Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana

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A molecular screening of wild-caught rodents was conducted in French Guiana, South America to identify hosts of the hantavirus Maripa described in 2008 in a hantavirus pulmonary syndrome (HPS) case. Over a 9-year period, 418 echimyids and murids were captured. Viral RNA was detected in two sigmodontine rodents, Oligoryzomys fulvescens and Zygodontomys brevicauda, trapped close to the house of a second HPS case that occurred in 2009 and an O. fulvescens close to the fourth HPS case identified in 2013. Sequences from the rodents had 96% and 97% nucleotide identity (fragment of S and M segments, respectively) with the sequence of the first human HPS case. Phylogenetic reconstructions based on the complete sequence of the S segment show that Maripa virus is closely related to Rio Mamore hantavirus. Using environmental descriptors of trapping sites, including vegetation, landscape units, rain, and human disturbance, a maximal entropy-based species distribution model allowed for identification of areas of higher predicted occurrence of the two rodents, where emergence risks of Maripa virus are expected to be higher.

Author Notes

* Address correspondence to Benoît de Thoisy, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, 23 avenue Pasteur, BP 6010, 97306 Cayenne cedex, French Guiana. E-mail: bdethoisy@pasteur-cayenne.fr

Financial support: This study was supported by Fonds Européen de Développement Régional (FEDER) and assistance from Région Guyane and Direction Régionale pour la Recherche et la Technologie. This study benefited from European Commission Grant REGPOT-CT-2011-285837-STRonGer in the frame of FP7 and an Investissement d'Avenir Grant managed by Agence Nationale de la Recherche (Centre d’Etude de la Biodiversité Amazonienne [CEBA]; ANR-10-LABX-25-01).

Authors' addresses: Benoît de Thoisy, Amandine Guidez, Damien Donato, Vincent Lacoste, and Anne Lavergne, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana, E-mails: bdethoisy@pasteur-cayenne.fr, aguidez@hotmail.fr, ddonato@pasteur-cayenne.fr, vlacoste@pasteur-cayenne.fr, and alavergne@pasteur-cayenne.fr. Séverine Matheus, Laboratoire de Virologie, Centre National de Reference des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés–Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana, E-mail: smatheus@pasteur-cayenne.fr. François Catzeflis, Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France, E-mail: francois.catzeflis@univ-montp2.fr. Luc Clément and Sébastien Barrioz, Association Kwata, Cayenne, French Guiana, E-mails: lucclement@hotmail.fr and seb.kwata@orange.fr. Jean-François Cornu, Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d’Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d’Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana, and Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana, E-mail: jfrancoiscornu@wanadoo.fr. Olivier Brunaux and Stéphane Guitet, Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana, E-mails: olivier.brunaux@onf.fr and stephane.guitet@cirad.fr.

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